Филиал занимается исследованиями гуманитарных и социальных проблем развития юго-западного региона Республики Башкортостан, экологии региона, здоровья человека; математическим моделированием сложных естественнонаучных систем и процессов, разработкой и внедрением инновационных проектов в социальную сферу и экономику.